1、工作原理：
水機：系統由室外主機和室內末端裝置組成，通過室外主機提供空調冷/熱水，由水管系統輸送到室內末端裝置，水與空氣在室內末端處進行熱交換來消除房間冷/熱負荷。是一種集中產生冷/熱量，但分散處理各房間負荷的空調系統型式。
氟機：系統以制冷劑為輸送介質，采用變制冷劑流量技術，室外主機由室外側換熱器、壓縮機和其他制冷附件組成，室內機由直接蒸發式換熱器和風機組成。一臺室外機通過管路能夠向若干個室內機輸送制冷劑液體。通過控制壓縮機的制冷劑循環量和進入室內各個換熱器的制冷劑流量，都可以適時地滿足室內冷、熱負荷要求。

2、穩定性：
水機：室外機完成制冷循環的所有過程，是一個完整的空調系統，室內機只是簡單的熱交換作用，兩者互相獨立，互不影響，可單獨對室內機和室外機進行改造。
氟機：室外機與室內機共同組成制冷系統，一臺室內機發生故障，會對其他室內機工作產生影響，室內外機的改造需要同時進行。

3、舒適性：
水機：制冷（熱）載體是水，它出風非常溫和、舒適；而且水機運行時不帶走室內空氣水分，能保持空氣濕潤，舒適是空調水機最大的亮點。
氟機：制冷劑是氟利昂或新冷媒R410A，使用時會帶走室內水分，空氣較干燥，舒適感稍差。

4、節能性：
水機：采用的是定頻技術，但是水的熱容量比較大，使用率越大就越節能，適合大面積場所使用。
氟機：采用變頻技術，具有控制精度高，高效節能等優點，尤其是對小型的場所，它的節能省電優勢更突出。

5、可靠性：
水機：采用雙回路設計，多個壓縮機，即使一個壓縮機回路故障仍然能夠繼續工作，可靠的渦旋式壓縮機，機組運行壽命長，可靠性高。
氟機：只有一臺變頻壓縮機，室外機和室內機的控制全部連接，一旦某臺機出現故障，整個系統不能使用。

6、制冷/熱速度：
水機：水的熱容較大，升溫降溫比較慢，所以制冷熱速度不如氟機快。
氟機：制冷時即開即冷，速度很快。

以上是商用中央空調水機和氟機的主要區別，各有優點，客戶在選擇的時候根據需求，選擇適合的商用空調系統。